دبیرخانه شورا در سازمان مدیریت و برنامه‌ریزی استان مستقر می باشد و وظایف آن بر اساس آئین‌نامه اجرایی مصوب هیئت محترم وزیران به شرح زیر تعیین می‌شود:

·       تهیه دستور کار جلسه‌های شورا، یک هفته قبل از برگزاری جلسه با هماهنگی رئیس شورا و ارسال مستندات به همراه دعوتنامه برای اعضاء

·       ارسال تصمیمات شورا، ظرف یک هفته پس از تشکیل جلسه، برای اعضا و دستگاه‌های اجرایی ذی ربط

·       پیگیری مصوبات شورا

·       ارسال یک نسخه از صورتجلسه تصمیمات شورا به بخش‌های ذیربط در سازمان

·       تهیه زمانبندی تشکیل جلسات شورا و کارگروه‌های تخصصی ذیل شورا و ارسال یک نسخه از آن به بخش‌های ذیربط در سازمان

·       بررسی پیشنهادهای رسیده از کارگروه‌ها، کمیته برنامه‌ریزی شهرستان‌ها و دستگاه‌های اجرایی استان به منظور تطبیق با قوانین و مقررات و اسناد بالادستی

·       آماده سازی پیشنهاد‌های کارگروه‌های تخصصی جهت طرح و تصویب در شورا